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2014/12 高远/王金锋的环形RNA识别方法论文被Genome Biology接收


    环形RNA是一类新报道的结构特殊的非编码RNA。近两年的研究发现,环形RNA在动物细胞内广泛存在,且大多位于基因的外显子区域。另有研究表明,少数环形RNA分子可以充当microRNA“海绵”,在转录后水平对基因表达进行调控。然而,目前绝大多数的环形RNA功能仍不明确,科学家们推测其可能与蛋白质及RNA转运或复合体组装有关。

    从海量转录组数据中识别环形RNA分子,是解析这一类非编码RNA组成及功能的关键环节。因此,我们针对环形RNA结构特点,基于环形RNA测序数据与基因组比对时产生的成对交叉剪切信号,建立了高效、无偏差的识别算法(CIRI)。同时,借助PEM、剪接位点以及重复序列分布等信息,构建了多重筛选策略,显著提高了预测灵敏度及准确度。CIRI适用于各种类型转录组测序数据,且不依赖于基因组注释信息,具有广泛的应用前景。

    通过比较ENCODE肿瘤及非肿瘤细胞系环形RNA组成及表达差异,我们发现不同肿瘤细胞系更倾向于具有不同的环形RNA组成和表达水平。此外,我们进一步发现,广布性的环形RNA趋向于具有更高的表达水平,这揭示它们在细胞中可能发挥着重要的功能。此外,我们进一步揭示人细胞内有大约10-20%的环形RNA来源于基因组内含子或基因间区,它们为后续的功能验证提供了重要的靶点。

    该研究已被Genome Biology接受,并将于2015年1月在线发表。此项工作得到了中国科学院、国家自然科学基金委项目的资助。


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